先秦陵园博物馆位于凤翔县南指挥镇南指挥村。该馆的前身是成立于2000年8月的我国首家农民创建的大型遗址性博物馆——秦公一号大墓遗址博物馆，2007年9月经宝鸡市政府同意改制为国有博物馆，并对外开放，隶属于宝鸡市文物事业管理局。
先秦陵园博物馆所在地雍城秦公陵园是全国第三批重点文物保护单位雍城遗址的重要组成部分。《史记•秦本记》记载：秦德公元年（公元前677年）至献公二年（公元前383年）294年间，雍城一直是秦国政治、经济、军事、文化的中心，秦国在这里不仅完善了奴隶制度，并通过一系列社会改革逐步进入了封建社会，经过19位秦公的苦心经营，为后来秦始皇统一中国奠定了雄厚了基础。
雍城秦公陵园位于秦都雍城以南的三畤原（春秋早期称北原）上，是秦公帝王诸陵园中，维持时间最长，陵墓数量最多，规模最大的一处，面积达36平方公里，其中埋葬着从宪公到出子共22位（其中包括未享国的秦公）秦始皇先祖。经考古勘探，在陵园区内发现了14座分陵园，48座大、中型墓葬和车马坑。秦公一号大墓仅是雍城陵园区中48座墓葬中，首先被发现，唯一被发掘的一座大墓，被命名为秦公一号大墓。
大墓发掘期间，轰动国内外，国家领导人及国际友人亲临现场视察。但因种种原因，大墓自发掘后，一直没有得到充分保护利用，沉寂了十多年。1998年，大墓遗址所在地的凤翔县南指挥村党支部书记赵生祥，带领村民集资投劳开始兴建秦公一号大墓遗址博物馆，历时三年，投资240多万元建成了全国首家民营遗址博物馆，于2000年8月8日正式对外开放，接待游客。
该遗址博物馆面积98亩。其中有三大遗址：①秦公一号大墓遗址，面积5334平方米，墓主秦景公，系秦穆公四世孙，是秦始皇第十四代先祖。该墓是中国迄今发掘的最大墓葬，它的发掘占据了我国考古史上“五个之最”；②车马坑遗址面积2088平方米，内有秦公率领群臣驾御车马田猎的强大车马阵容，车60乘，马160匹，驭手、将士百十余人，及各种兵器、礼器等；③祭祀坑遗址，面积60平方米，内有珍贵的祭器、祭牲和五组车马。本馆展示了大秦帝国从奴隶社会过渡为封建社会时的政治、经济、军事、文化等丰富多彩的社会面貌，是中华民族一份宝贵的文化遗产。
该遗址博物馆有两道秦式建筑馆门，首门与二道门之间，有一条200米长的馆内东西中轴路，第二道馆门两侧，各配建了秦式门阙。车马坑遗址和大墓东墓道位于中轴路的南北两侧。翠绿的刺柏和线柳整齐的排列于中轴路的两边。格局井然有序。进入二道馆门，驶入人们的眼帘的是石磬影碑，其后是椁室陈列馆。陈列馆内两侧墙壁上配有大墓发掘时的现场照片和出土的部分文物照片及图片资料，还展示了大墓内出土的2500多年前埋在地下，至今完好如新的椁木等文物。陈列馆内有复原的我国发现时代最早、等级最高的“黄肠题凑”葬具，游人可进入黄肠题凑内参观，这是我国惟一可供游人进入椁室内参观的场所。祭祀坑位于椁室陈列馆后100米处，与秦公一号大墓西墓道平行，相距12米。被郁郁葱葱的松柏所环绕。
博物馆从2000年开馆以来，年接待游人4.8万人次，境外年参观者2000人次。